L'ISARA propose 6 enseignements dont les objectifs et les contenus sont définis à partir des domaines d'activités possibles pour les futurs ingénieurs.
Deux d'entre eux préparent plus particulièrement à une activité dans le domaine de l'agriculture et du développement rural :
 AGRoECologie et Innovations Agronomiques (AGRECINA).
Développement des Territoires Ruraux et Gestion de Projet (DTRGP)
Trois autres préparent plus particulièrement à une activité dans le domaine de l'agroalimentaire, de l'agro-industrie et de la distribution :
Conception et Industrialisation de Produits Alimentaires (CIPAL).
Gestion de l'Innovation et Développement de l'Entreprise (GIDE).
Supply Chain Management et Logistique agroalimentaire.
Le cinquième vise à préparer à une activité dans l'un ou dans l'autre de ces 2 domaines :
Productions Animales, Qualités, Traçabilité (PAQT).
Chaque enseignement dure 14 semaines, et est placé sous la responsabilité d'une équipe pédagogique, faisant également appel à des intervenants provenant des milieux professionnels et scientifiques. Il comprend des cours, conférences, tables rondes, visites, ainsi que des études de cas ou des projets en petits groupes (et dans certains cas un voyage d'étude).
Le mémoire de fin d'études se déroule à la suite de l'enseignement (en principe de janvier à juillet). Les étudiants souhaitant le réaliser dans le cadre de l'ISARA-Lyon devront se conformer aux procédures de choix des sujets, de suivi par les enseignants et de conventionnement avec les organismes demandeurs mises en place par l'ISARA-Lyon.
L'étudiant a aussi la possibilité d'effectuer sa 5eme année dans l'une des 3 autres écoles de la FESIA en fonction de ses préférences et des places disponibles : plus de 20 domaines d'approfondissement offerts au total.
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